ชะตากรรมของโลกอยู่ในมือของคุณแล้ว ศัตรูทั้งหน้าเก่าและหน้าใหม่ได้เข้ามาคุกคามสันติภาพที่คุณอุตส่าห์สร้างขึ้นได้เมื่อ 24 ปีก่อน การค้นหา Alpha Ceph ของคุณยังดำเนินต่อไป แต่คราวนี้คุณจะต้องเปิดเผยความจริงที่บริษัท C.E.L.L. Corporation ปกปิดเอาไว้ด้วย แม้ว่างานนี้จะไม่ใช่เรื่องง่าย แต่ชุดนาโนสูทของคุณจะช่วยคุณฟันฝ่าอุปสรรคเพื่อไปสู่ชัยชนะ วางแผนลอบโจมตีเพื่อเอาชนะศัตรูของคุณอย่างเงียบเชียบ หรือทำลายล้างศัตรูด้วยการใช้กำลังเข้าบดขยี้ เพราะในการกอบกู้โลกไม่มีวิธีใดผิดอยู่แล้ว